宗教法人が不動産を取得する際に税金はかかるの？非課税には適用要件にご注意を！
非課税証明書があれば登録免許税が非課税に
宗教法人が境内において建物を建立したり、隣接地の土地・建物を購入する場合には、その登記申請において発生する登録免許税を非課税にできる場合があります（ 登録免許税法第４条 ）。次の３つの要件をすべて満たすことが必要です。
- 宗教法人が専ら宗教の用に供するものであること
- 宗教法人法やその他の法令（建築基準法等）に適合していること
- 宗教法人法及び法人規則に定める手続きを経て取得していること
非課税の対象かどうかは、現況を見て判断される
登録免許税を非課税にするためには、宗教法人を所管する、もしくは礼拝施設が存在する都道府県に「非課税証明書」の発行申請をします。その審査の際に重要なのは、特に上記の１の「宗教法人が専ら宗教の用に供するものであること」です。書類において用途（目的）が確認されるのはもちろん、行政の担当者が実際に現地を見て調査されます。
もし宗教法人が取得する不動産であったとしても、そこにマンションを建てるとか、コインパーキングにして収益を上げるような利用方法は、当然ながら非課税の対象にはなりません。
行政による調査の結果、適正で問題がなければ「非課税証明書」が交付されます。この証明書をもって法務局に登記をすれば、登録免許税が非課税になります、
では具体的に今回は、宗教法人が「参拝者用の駐車場用地」として土地を取得する場合を例に考察してみます。
参拝者用駐車場として購入した時に非課税になるには
参拝者用駐車場で非課税証明が発行されるための主な要件は、以下の通りです（京都府の場合）。
○更地であること（現状で駐車場として使用できる状態であること）
○道路から容易に進入できること（侵入に障がいがあるような段差があれば解消しておく）
○余剰な駐車台数とならないこと（駐車場とする必然性があること）
○境内の隣接地もしくは礼拝施設から遠すぎないこと
○「宗教法人△△△△ 参拝者駐車場」などの看板を設置すること
○宗教法人規則に定められた決議がなされていること（必要に応じて「責任役員会議事録」などの提出）
注意すべきは、取得する際に土地が更地の状態でなければ、そもそも対象にならないことです。現況において既に駐車場として利用できる状態にあることが求められます。
でも例えば、建物付きの 土地を購入した上で建物を解体し、更地にして駐車場にする場合もありそうですよね。この場合はどうでしょうか？
まず、登録免許税が発生するタイミングは、売買契約により、所有者から宗教法人が不動産を取得したことによる所有権移転登記（法務局）のときですよね。この時点では建物はまだ建っています。よって、建物はもちろん、土地についても非課税証明は出ません。
では、どうすればよいかを考えます。
更地になっている状態を行政は確認するのです。ですから、先に建物のみ所有権移転登記を行い、解体して更地にしてから非課税証明の申請を出す。非課税証明書が発行されたら、土地の所有権移転登記をすればよいのです。これにより、法務局による土地の所有権移転登記時には、非課税証明書をもって登録免許税は免除されます。
いずれにしても建物については、用途の「駐車場」に関係ないものですから、どのみち非課税証明の対象にはなりません。
都道府県によっては、さらに厳密な要件がある
○駐車場に駐車場所を区切る線（駐車区画線）を引いておく
しかも地面は整地されている必要があって、石灰でラインを引いたような、すぐに消えてしまうようなものではなく、風雨やタイヤによる摩耗などに耐久性があるものが必要だそう。つまり、非課税証明を申請する前の時点で、アスファルトかコンクリートで舗装して白線を引く施工をしておくことを検討せよってことですよね。今から購入する土地を先に舗装させてもらうのって、かなりのハードルです。
○既に駐車場として使用されていること
土地の購入前に使わせてもらうことって！？できますかね。
京都府では上記２点の要件は求められませんが、都道府県によってはさらに厳しい要件があるかもしれず、不動産の購入手続きに着手する前に、行政との事前の入念な協議と確認が必要だと思います。
登録免許税は還付されない
なにしろ、所有権移転登記の際に支払った登録免許税は、後から還付の申請をすることができません。一度納入されたら還付はされません。登録免許税の納付先は法務局ですから、納税でも税務署とは違う扱いに注意が必要です。
誓約書の提出が必要な場合に注意
行政区によって違いがあるかもしれませんが、例えば京都府では、参拝者用駐車場の取得の際には、「他の用途では使用しない」、「駐車場料金を徴収しない」などが非課税証明の要件になっていて、この誓約書の提出が必要です。
誓約書を提出していながら、 しばらくしてから実際は、参拝者用の駐車場にせずにマンションを建てたとか、駐車料金を徴収するコインパーキングに変更するようなことは、誓約書に違反しペナルティの対象になることはもちろん、脱税行為でもあります。ウソ（虚偽）の申請は、絶対にやめましょう。
まとめ
宗教法人は非営利な公益法人であるとされています。 よって非課税とされる特別な扱いも多いのですが、全てが無税というわけではありません。本来なら課税されるべきところを非課税にするという優遇措置がされるだけに、行政も厳密に審査をします。
本来の目的のため、課税されるべきものは納税し、宗教活動の適正な範囲において、認められる権利を正しく行使してください。